تعد المكتبة العصب الرئيسي للمركز باعتبارها القاعدة الطبيعية لإجراء الأبحاث والدراسات المتعلقة بالشرق الأوسط وقضاياه ومشكلاته. وتضم المكتبة أكثر من أربعة عشر ألف كتاب منها حوالي ثمانية آلاف كتاب باللغة العربية، وحوالي ستة آلاف كتاب باللغات الأجنبية المختلفة. تتناول الكتب البحوث والدراسات التاريخية والاقتصادية والاجتماعية والسياسية والعسكرية والإعلامية، وتعالج مختلف القضايا التي تمس الشرق الأوسط بشكل خاص، والقضايا العالمية بشكل عام.وتضم المكتبة مجموعة من القواميس العربية والأجنبية باللغات العربية والإنجليزية والعبرية والفرنسية والإسبانية والألمانية والروسية والإيطالية والأوردية، كما أن هناك قواميس اقتصادية واجتماعية وسياسية وجغرافية ودبلوماسية وقاموس للغة العثمانية.